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　　10个福建省临床重点专科：消化内科、肝胆胰外科、大普外科（普外科、胃肠外科、血管外科、乳腺外科、肝胆胰外科）、肾内科、康复医学科、皮肤科、中医科。

　　4个市领先学科：消化内科、肝胆胰外科、胃肠外科、关节外科。

　　7个市临床重点学科：神经内科、神经外科、血液科、内分泌科、超声科、胸外科、专科护理。

　　5个市医学优势亚专科：嗓音医学、神经血管介入、前列腺疾病诊治、甲状腺疾病诊治、急救重症医学。

　　5个名医工作室：钟南山院士名医工作室、董家鸿院士名医工作室、李兆申院士名医工作室、王坤正主委名医工作室、徐惠绵主委名医工作室。

　　3个国家级和市级医学中心：国家高级卒中中心、厦门市临床检验中心、厦门市消化疾病诊治中心。

　　8个医学研究所：厦门市老年疾病康复研究所、厦门大学消化疾病研究所、厦门大学医学院胃肠道肿瘤研究所、厦门大学医学院微生态研究院、厦门大学医学院传染病研究所、厦门大学医学院医学影像研究所、厦门大学医学院嗓音医学研究所、厦门大学医学院骨关节病研究所。

　　7个省市重点实验室/科研平台：福建省慢性肝病肝癌重点实验室、厦门市肝胆胰肿瘤转化医学重点实验室、厦门市临床检验重点实验室、厦门市肠道微生态与健康重点实验室、厦门市胃肠肿瘤重点实验室、厦门市核医学分子影像临床转化重点实验室、厦门市肿瘤分子诊断与靶向治疗重大科技平台。

　　8个国家级和省级培训中心/基地：国家首批普通外科专科医师规范化培训基地、国家住院医师规培基地、中华医学会消化内镜培训基地、卫生部临床药师培训基地、全国健康管理示范基地、中华医学会消化内镜培训中心、中国医师协会神经内镜培训中心、福建省超声医学培训基地。

　　此外，医院还是国家药物临床试验机构、国家医疗器械临床试验机构、人体器官移植医院。

　　目前，医院拥有全球创新的首款彩色光谱CT、高端能谱CT（金砖国家领导人厦门会晤医疗保障专用CT）、第二代双源CT、福建省首台3.0T光速磁共振（光速MRI），头部伽马刀、直线加速器、双平板数字减影血管造影X线机（DSA）、正电子发射型计算机断层扫描仪（PET-CT）、单光子发射型电子计算机断层扫描仪（SPECT）等先进医疗设备，2021年又新引进目前全球最新的第四代达芬奇机器人手术系统（Xi），率先开展了大量的临床新技术、新项目，填补了许多医疗技术空白。

　　近五年，医院获各级课题资助300余项，包括国家“863”和“973”子课题、国家自然科学基金、国家“十一五”科技支撑计划等国家级课题100余项，获省、市各级科技进步奖40余项、国家专利40余项，发表高质量的SCI论文300余篇。2010年-2015年，医院国家自然科学基金立项连续六年全省第一，2017年、2018年连续两年在Nature出版集团发布的自然指数排行榜中名列厦门第一。2018年在中国医院科技量值发布中，医院有6个专科挺进百强榜单，入围专科数量位列厦门第一，2019年中国医院科技量值传染病学专业连续三年排名全国前50，省内排名第一。此外，医院曾连续5年在福建省三级医院评价中名列厦门市综合医院第一；曾连续3年在香港艾力彼关于中国竞争力地市级医院100强排名中，位列厦门市首位、福建省前列，其中2016年排名为全国第15名，消化内科、肾内科、皮肤科等多个学科在2019年最新的艾力彼专业排行榜中名列省、市第一名；在复旦大学管理学院对全国279家医院的科研实力评价中，厦门市只有中山医院入围。2020年中国医院科技量值排行榜中，5个学科全市第一、2个学科进入全国50强；在全国三级公立医院绩效考核中连续两年荣获A+评价。

　　科技兴院，医教相长。1992年医院成为福建医学院教学医院，1998年成为福建医科大学医学检验专业临床教学基地，2001年成为厦门大学医学院第一临床学院，目前还承担了厦门医学院、福建省中医药大学等院校的教学任务。